Grâce à une pédagogie diversifiée, Scholae se donne pour but de remettre l’élève au centre du processus d’acquisition des connaissances. Si le cours magistral continue d’exister à Scholae, le travail des élèves par groupes de niveaux ou d’inter-niveaux est tout particulièrement privilégié. Scholae récuse le concept de classes d’âge où tous devraient être identiques. Les modules de sept semaines de cours sont conçus comme pouvant être suivis par des élèves d’âges différents, chacun à son rythme, selon des cheminements parallèles. Sous la tutelle des enseignants, chaque module de cours est abordé via le questionnement des élèves.
L’élève, pendant ses temps de réflexion personnelle ou au sein des différents groupes de travail auxquels il participe, est confronté à une problématique qu’il lui incombe de résoudre. Loin de recevoir passivement une série de déductions qu’il n’aurait pas élaborées, l’élève est replacé au centre d’une méthode inductive et identifié comme découvreur de savoir. Le travail de groupe mène à l’élaboration d’un savoir concerté et réfléchi, d’autant plus facile à assimiler pour l’élève qu’il a participé à sa construction ou qu’il l’a reçu de ses pairs au cours d’exposés.
Loin d’être perçues comme des inconvénients, la diversité et l’éventuelle hétérogénéité des élèves sont sources de richesse au sein de Scholae. Chacun progresse à son rythme, contribuant à la formation d’autres élèves ou recevant lui-même l’aide de certains de ses pairs, plus avancés dans d’autres domaines. Surtout, chacun dispose de temps pour réfléchir et construire son propre jugement. En multipliant les procédures d’apprentissage – travail en classe complète, groupes, trinômes ou travail individuel – Scholae vise à développer l’aptitude de chacun à s’auto-évaluer et travailler en bonne intelligence avec les autres. Des grilles d’évaluation très précises, qui intègrent la qualité de la démarche, de l’implication dans le travail ou encore de l’organisation, sont établies.